DNAの塩基配列を入力するとすぐに何の生き物かを検索して表示する「Helix I/O」

地球上には膨大な数の生き物や微生物が存在しています。海中の微生物群や土壌に含まれる細菌群、人体の内外に存在する細菌などから得られたメタゲノム解析のデータをサイトにアップロードするだけで、その中に含まれる生物を解析して分類してくれるのが「Helix I/O」です。

Helix I/O – Instant Metagenomic Search
https://demo.helix.io/

このサイトでは、検索窓にシークエンス(塩基配列)の文字列を入力するか、DNAなどの塩基配列をテキストベースで保存するFASTQフォーマットかFASTAフォーマットのファイルをアップロードすると、塩基配列の配列データベース「RefSeq(レフセック)」と照合して結果を表示させることができます。RefSecは、アメリカの国立生物工学情報センター(NCBI)が分子生物学やバイオインフォマティクスの研究に用いるデータベースとして構築し、提供しているものです。

それではさっそく手持ちのシークエンスデータを……と言っても、一般にそんなデータを持っている人は限られているはず。そんな人のために、サイトではサンプルとなるシークエンスが用意されていました。

一番上のサンプルをポチっとすると表示されたのがこちらの結果画面。マッチした結果と生物上の分類が表示されています。

判定されたのは「Escherichia coli(大腸菌)」だったことがわかります。その下には、ヒットした生物の名前やRefSec上で付けられているID、マッチ率などが表示されています。

最下部には、分類学上のチャートが表示されています。

全てではないのですが、生物は原則的に学術的な体系に沿って分類されており、生物→ドメイン→界→門→綱→目→科→属→種の順に分類されます。

By Wikipedia

この体系に沿って大腸菌を分類すると、細胞生物の真性細菌(界なし)プロテオバクテリア門ガンマプロテオバクテリア綱エンテロバクター目腸内細菌科エシェリキア属に属する「大腸菌」ということになりました。

このサンプル以外にも、他の研究からのデータを参照することも可能。

人体の内外に存在している多くの微生物「ヒトマイクロバイオーム」を解析したデータがこちら。

メタゲノム解析データのため、一覧には多くの細菌名などが記載されていることがわかります。

分類チャートもこのように多岐にわたるものになっていました。

現段階では、ゲノム研究に携わる人以外にはあまり接点のないサイトと感じられると思いますが、今後のゲノム(DNA)解析や「DNA診断(遺伝子診断)」などにつながる研究に生かされることになるかもしれません。